"Том молчал, главным образом, чтобы родители не вмешивались. Ну а потом он в силу определенных обстоятельств начал мыслить с опережением своего физического возраста."

Ну, о том, что Том не хотел бы вмешательства родителей в свои планы я вроде бы упомянула в прошлый раз. Потому что логично, что чем больше родители знают, тем больше тревожатся. А чем больше тревожатся, тем сильнее пытаются контролировать все вокруг и, прежде всего, своих детей.
И мыслить с опережением своего возраста... ЕМНИП в последней главе Филлис как раз говорила о нем:

"Том — самый необыкновенный человек из всех, кого я встречала. Когда я слышу его рассуждения, наблюдаю за развитием его талантов, мне иногда кажется, что это даже слишком для обычного человека. Такие слова, как дружба, здесь неуместны."

И в этом высказывании отчетливо видно, как мне кажется, что Том мыслит не просто с опережением своего возраста, но и слишком по-другому, в отличие от большинства людей. Так что вряд ли бы его могли понять даже собственные родители, для которых он в первую очередь ребенок и только потом все остальное.