Приобретал оба варианта. Качество печати на мой взгляд непрофессионала примерно одинаковое. В четырёхтомнике бумага чуть поплотнее (кажется, именно из-за этого он и четырёхтомник), есть ленточка-закладка, иногда блок листов не слишком хорошо "отцентрирован" внутри переплёта, но это можно заметить, только если тщательно приглядываться.

В трёхтомнике есть раздел комментариев к тексту и вёрстка более профессиональная (но это, опять же, не факт, что заметит непрофессионал). Ещё там есть специальное предисловие Юдковского в неудачном переводе.