"— Я всё понимаю, — скороговоркой перебил его Гарри, — у архитектора снов не должно быть подавляемых желаний и страхов, потому что они зачастую вмешиваются в заказанные сны."

Гермиона - часть его подсознания. Является ли она в какой-либо мере подавляемым чувством? Виной, например. И раз уж он выступает как герой в этом сне, значит он должен был спасти её от одиночества.
Но это сон. Жизнь внутри сна. И теперь прожитая жизнь внутри сна мешает ему воспринимать иную реальность.

Есть ещё версия, основанная на словах Д.
"— На втором курсе мне пришлось немного потрудиться: наконец-то твоя пассивная защита активизировалась на полную мощность. Но василиск так и не смог найти меня в созданном мной лабиринте Хогвартса. Зато я смог заставить тебя считать его врагом, и в итоге ты сам уничтожил своего главного защитника."
Василиск окаменил Гермиону. Была ли та изначально подсадной уткой Дамблдора в сознании Гарри? Раз василиск защищал Гарри? И эта Гермиона осталась в сознании Гарри, как заложенная идея?