Ну, Кишимото и сам любитель заимствований. Он этого и не скрывал. Мастер Фукасаку - это же "Йода сильно изменился за лето". От размера и клюки до странных закусок. И дитя пророчества, которых двое, и учитель, погибший в битве с предыдущим "избранным". "Лунная принцесса", конечно, японская легенда, но мировое древо во многих мифах фигурирует. Учитывая, что в "Наруто" люди его избегали, но листьями питались животные, ставшие в будущем призывными со своим отдельным миром (жабы точно, остальные - неизвестно), получится как если бы Один после глотка из источника мудрости, не заплатив, срубил к йотунам Игдрассиль. А особенный третий глаз во лбу - это, похоже, отсылка в Египет (глаз Ра).
Что до клановости (в т.ч. в манге), так Япония - конституционная монархия (как и Великобритания, кстати), так что происхождение определённый вес имеет. Но в определённых кругах. А вот как это воспринимается людьми из неоднократно и агрессивно социально-перемешанного общества - отдельная тема.
Мне вот, нравится, как Мольфар к вопросу подошёл. У каждого клана свои особенности, основанные на них занятия и, соответственно, дополнительные заработки. А хокаге пытается найти устраивающий всех компромисс. Запредельный миротворец, если учитывать мой опыт с двумя маленькими племянниками.