Василиск мог подчиняться любому змееусту. Или Том его мог обмануть, что наследник.

Тем более, если поставить: вопрос почему василиск слушался призрака Тома, а не Поттера.

То сразу вспоминаем, в Поттере так же сидел ТЛ, однако василиск его за наследника не признал.