Да с чего вы взяли, что они виделись хоть раз за 3 года и после клятв перед Визенгамотом?))
Кингсли, будучи министром, отрядил Гермиону контактировать с маглами. Почему бы Гермионе 3 года не делать так же?

Добавлено 07.01.2019 - 21:11:
И по поводу реакции Майкрофта.. Ну это канон. Его выворачивало от самоубитого коменданта. Просто ну наизнанку во всех смыслах. 4 сезон как он есть.