Почему она находилась тысячу лет в зачаточном состоянии и не развивалась? Как раз наоборот, развивалась она постоянно, и в итоге Хогсмид стал таким, каким мы его знаем.
Поселенцы объединились с Основателями ради победы над общим врагом. В данном случае они тоже применяли магию, иначе стали бы ужином. А после того, как дракона изгнали, они достигли соглашения друг другу не мешать, потому что войны никто не хотел.