О боунс мы знаем всего пару слов и то из пристрастных уст. А вот то, что начальница ДМП лицо подчиненное например той же Амбридж, как-то выпадает из поля зрения. Плюс, вот честно я не вижу, чем Боунс мешала Волдеморту настолько, что он поперся решать с ней вопрос лично... Я думаю с "решить лично" у волдеморта после одной хеллоуинской ночи наступило отрезвление (и действительно, мы не видим в каноне, как великий темный маг сражается, часто сражается имеется в виду, как, впрочем и великий светлый. кроме одного раза - и все.)
Зато вот если посмотреть с точки зрения Cui prodest, то сидящая как кость в горле "ничья" Боунс не была выгодна и Дамблдору, и Фаджу, и чистокровным аристо.
А на так удобно появившегося во всей красе Волдеморта было очень легко и просто списать любой блудняк. И вообще, я думаю в Министерстве с появлением Волди настали золотые деньки. "Где деньги? Налет упивающихся... Почему не выполнили мой приказ? - Волдеморт приходил, боялись..."