Вообще, очень просто представить ситуацию, когда организация не распоряжается своими финансами - когда она лишь филиал вышестоящей структуры. В нашем случае варианта два - немагической Британии или магической неБритании.

Что впрочем неважно, т.к. при этом никакой Воландеморт министерство захватывать не полезет. И так министр = главный тюремщик, а если еще и баланду перераспределять нельзя...

Значит министр баблом распоряжается, но управляющий центр вынесен за рамки министерства. И автор нашел убедительную причину этого (как и отсутствие информации об этом в каноне). Почитаем с удовольствием.