В каноне прямо сказано, что чары наложило министерство, а не орден,

Фиделиус может быть снят, только если его сдаст хранитель. Больше никак. То есть Фиделиус УПСы снять не могли, и не может быть, что в ордене никто кроме Дамблдора, его не умел накладывать.

Люпин ушел от Тонкс в августе, когда появился на Гриммо. Потом, поздней осенью, Трио встречает в лесу беглых магглокровок и гоблинов и среди них Тэд, который говорит, что ушел неделю назад, и что его чистокровной жене не грозит ничего. про дочку он не упоминает - значит, Нимфадора уже не с ними. Вероятно, тогда Люпин к ней и вернулся.
вскоре после того, как Трио встречает в лесу Тонкса, Рон уходит. Билл тогда и рассказал Рону, что Люпин вернулся к жене, и что Тонкс уже "такая круглая". Значит, если сопоставить все это - Тэд неделю в бегах, Люпин вернулся, Тонкс округлилась - все это произошло примерно в одно время, поздней осенью, где-то в ноябре.

Если бы комиссии наказывали за брак с магглокровками - то и Андромеде надо было бежать. Но они не наказывают за это, и полукровок никто не трогает. Симус Финниган, у которого отец - маггл, спокойно приехал в школу учиться. И ничего не слышно о том, что его мать каким-либо гонениям подверглась.
Потом, в министерстве Кроткотт, тот самый, которого изображал Рон - на комиссию тащат только его жену.